作为新医改最艰难的一环，公立医院改革将先试点积累经验然后推行。目前试点的内容已经明晰，转制部分公立医院为民营医院，支持民营资本办医、政府购买医疗服务等举措，将和管办分离等争议不大的内容，共同出现在方案中。
多位接近决策层的医院院长和业内专家告诉记者，国家将会采取多种产权制度方式去改革公立医院，其中一部分将转为民营医院。而首先列入改制、整合的可能会是国有企业办的、部队办的公立医院。
由于新医改方案给出的是改革方向性、原则性的规定，更为具体的内容将由配套文件——《公立医院改革试点指导意见》予以明确。
据记者了解，这项改革将秉承维护公益性质和社会效益的原则，按照“增加总量、盘活存量、控制质量、稳步发展”的方针推行。目前，福建、河南、北京等地也已着手在各自区域内试点。与此同时，卫生部也正积极谋划公立医院改革试点遴选工作。据悉，目前卫生部尚未最后确定入围试点城市的名单，但如何进行试点，决策层已经有了答案。
另外，公立医院改革一直没有取得实质性进展的主要原因是补偿机制没有解决，在最终的方案中明确提出了政府购买服务的思路。
对于公立医院的补偿机制，方案给予了明确：政府负责公立医院基本建设和大型设备购置、重点学科发展、符合国家规定的离退休人员费用和政策性亏损补偿等，对公立医院承担的公共卫生任务给予专项补助，保障政府指定的紧急救治、援外、支农、支边等公共服务经费。
被诟病多年的药品加成则将逐步取消。目前，在一些大医院，政府对医院的投入大约为5%，这意味着大量的投入需要医院自己“创收”。
按照新方案，对公立医院的补偿将由目前的服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道缩减为两个，医院和医务人员的收入不再与药品价格和数量挂钩，从而避免公立医院和医务人员的趋利倾向。
按照新医改方案，公立医院改革将探索政事分开、管办分开等有效形式，但至于哪种模式更为合适，没有明确，将由各地自行选择。一位医改专家告诉本报，医院有没有保留行政级别，院长由谁来任命，这是问题的关键。在他看来，目前各地进行管办分开探索很多都还没有做到这一点。
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