1、立法层次偏低
目前我国现行的财产税体系中全部税种，没有一个是经全国人民代表大会审议通过的法律，都还停留于暂行条例、暂行规定，甚至通知的行政法规层次上，缺乏应有的权威性、规范性、稳定性，在适用效力上有其局限性，导致实际执行中往往有方方面面的冲击和干扰，约束力大打折扣。在税收实际中，执法依据除条例外，还有许多部门的规章和各种规范性文件、批复、解释、补充，这些文件有许多局限，难免出现与基本法规的立法精神不一致的地方，使得税收政策既不稳定又难以落实。
2、税制设计不合理
我国的财产课税由于税制设计上的缺陷，已经与市场经济不相适应，严重滞后于经济和社会的变革和发展，难以发挥该类税收应发挥的为政府提供公共服务筹措资金、调节收入和财产贫富差距、抑制房地产投机、引导房地产资源优化配置等功能和作用。
（1）财产课税体系不完善。财产课税体系一般有两个分支，一是对财产所有或占有课征，另一分支是对财产的转移课征。从西方国家开征的税种看，主要有对财产价值课征的一般财产税、财产净值税、房产税、土地税、不动产税和对财产转移价值课征的遗产与赠与税。就我国开征的具有财产税特征的税种而言，虽然税种较多，但还没有构建起适应我国经济发展形势需要的财产税系。
目前，我国对房地产的税费主要集中在开发流转环节，设置了营业税、土地增值税、耕地占用税、契税、企业所得税等，另外还要缴纳各种收费。而在房地产保有环节设置的税种有房产税、城市房地产税和土地使用税，税负较低。这就不可避免地导致了出于投机目的的囤积、炒房，乃至房地产的闲置、土地资源的人为浪费。
我国现阶段对转移财产缺乏相应的税种调节。市场经济国家通常构筑三位一体的遗产税、继承税、赠与税予以调节，达到公平分配的目标。从实践做法看，此类税收计税范围内的税负较高，调节力度大，公平分配和收入功能显著。我国通过三十年的改革开放，经济不断发展，私人财产也不断积累，现在正逐渐处于财产向第二代人转移的过程，如果对财产转移不征税，财产税的调控功能必然存在严重缺位。
（2）征税范围过窄。尤其体现在房产税和土地使用税上，而且在实际中的征税面要比规定的窄很多。
房产、土地的征税范围限定了地域。如房产税仅限于城市、县城、建制镇和工矿区内经营性企事业单位及各种租用的房产；土地使用税是对城市、县城、建制镇、工矿区范围内的土地课征。这就造成投资地点不同，税负不同的现象。纳税人会有意选择非纳税区域投资注册，容易引发避税行为。同时随着农村经济的不断发展以及小城镇建设的加快，农村已出现大量营业、出租用房，而现行房产税和城市房地产税对农村的房产不征收，造成农村房地产税收的流失。
此外，现行财产税的征税范围仅限于企业的经营性资产，个人财产拥有税负很低。如对房地产的征税范围是经营活动中所涉及的房地产，而对于个人的生活用房等则排除在征管范围之外。这些都使财产税的税基未能较好的反映经济增长带来的国民财富的增加，影响了财产税收入的合理增长。
（3）计税依据不合理。比如分别以土地面积和房产原值按比例扣除后的房产余值或租金收入为计税依据。但是随着城市的发展，许多房产、土地的实际价值已经成倍增长，这种计税依据的设计无法反映房地产的市场价值、时间价值，与市场经济的基本要求相背离，税收不能随着房产的增值而增加，也就不能很好的发挥其调节收入的作用。
（4）税率设计不合理。如现行土地使用税采用大中小城市分级分类的幅度定额税率，考虑了企业单位的负担能力和土地最基本的级差收入，但不能体现土地因各地经济发展水平、人均消费水平所造成的土地现实价值的差异。随着土地制度的改革和土地市场的开放，土地之间的级差收益日益突出，过低的税额标准，使得土地使用税的调节力度明显下降。
（5）减免税过多。所有财产税税种都规定了很多的减免税项目。如房产税对国家机关、人民团体、军队自用的房产和由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的房产及宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的房产都是免税，个人自用房屋也不用缴纳。城镇土地使用税的免税范围包括：国家机关、人民团体、军队自用的土地；由国家财政部门拨付事业经费的单位自用土地；非营利性医疗机构、疾病控制机构、妇幼保健机构、科研机构等自用的土地；宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的土地；市政街道、广场、绿化地带等公共用地；直接用于农业、林业、牧业、渔业的生产用地，水利设施及其护管用地等。契税的免税范围包括：国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋，用于办公、教学、医疗、科研和军事设施的，可免征；城镇职工在国家规定的标准面积内第一次购买公有住房的，可免征；个人购买自用普通住宅，暂时可减半征收等大量的减免规定等。这些规定等于给纳税人以隐性补助，造成横向不公平，也造成国家税收大量流失。
（6）存在着个别税种税基交叉重叠，重复征税的现象。如对拥有房地产的，既从量征收土地使用税，又从价征收房产税。对出租房屋取得租金收入的，按同一金额征收房产税和营业税。
3、配套制度不完备
财产评估制度不健全，机构设置不配套，专业人士尤其是高素质人员严重不足。我国财产评估最主要的部分是房地产评估，也是评估行业起步较早、发展较快的部分。但目前的评估方法、资格鉴定还处于初始阶段，仍存在不少问题：一是由于我国目前的房地产税收还不是以市场价值作为计税依据，所以服务于房地产税收的评估系统还没有建立起来。二是作为房产税征收依据的房产评估值，缺乏规范合理的评价标准和办法；三是评估机构的资质参差不齐；四是评估市场不规范，存在着评估机构、评估人员受利益驱动发生不当的行为，不能公正、客观地反映房地产的实际价值；五是税务部门内部没有专门的房地产评估机构和评估人员，对房地产评估机构提出的评估数据没有规范的考查标准。
财产申报制度、财产登记制度不完善，对纳税人的财产无法进行全面、规范的登记管理，税务机关的税源监控无法到位，征管成本比较高，对税收违法行为难以有比较彻底的税务征管、稽查和处罚。例如对个人出租的房产征税，由于税源相当分散，税务机关限于法律赋予的权利有限，征管难以到位，税收流失比较严重。
配套的个人信用制度，缺乏法律制度规范，相关措施和做法基本空白。我国直到
部门协作不到位。财产税的征收管理工作，要涉及到房产、土地、户籍管理、银行等诸多部门，需要它们为税务部门提供纳税人的基础数据资料。在部门配合及涉税资料交换方面，虽然征管法和某些条例提出类似要求，但是在实践中收效甚微，原因是我国的行政管理部门实行线条管理，部门之间有效配合尚不到位。政府有关部门之间信息不对称，与税务机关的协作配合在实践中困难重重。
这些配套措施的不完善，造成税务部门检查纳税人的资产状况、信用度在操作上存在很大的难度，税收征管的环境条件和实施能力明显不足，阻碍了财产税征收的推进。
4、传统观念的影响
税收是一种社会活动，在其发展过程中，除受政治、经济的深刻影响外，也必然要受到社会文化、传统思想观念的影响，这在财产课税上都有反映。封建社会以来残存的“苛捐杂税”印象，传统的“藏富不露”的想法等传统理念，使得很多人的申报纳税积极性不高；“子承父业”的传统，以及建国后的经济制度决定了几乎不对个人财产课征财产税，长期不使用财产登记实名制，使原本就欠缺的财产申报登记制度更为混乱，客观上使隐匿财产现象加重。有的纳税人受利益驱动，铤而走险，偷税、骗税、抗税现象多，造成国家税收严重流失。虽然近年来税务机关通过多种宣传渠道，进行了大量的税法宣传活动，但还远远不能满足了解掌握税收政策的要求。全社会对税法宣传齐抓共管的意识还未形成，税法宣传似乎只是税务机关的事，一些纳税人缺乏法制观念，纳税意识淡薄，还没有树立“税收是国家命脉”的意识，“依法纳税光荣、偷税可耻”还没有真正形成一种良好的社会风气。传统价值观念、价值取向等社会文化因素对纳税人遵从状况的影响，公民对财产税的认识更加肤浅，纳税自觉性较差，由此给财产税制设计、改革和开征带来了不少困难。
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