2月8日，菲律宾总统拉莫斯就此事发表讲话，声称菲律宾政府已通过了一份措词强硬的“备忘录”，对中国军舰出现在美济礁提出抗议。他指控中国军舰“侵入”菲律宾声称拥有主权的南沙海域，并在菲律宾“所属”的美济礁建造军事设施。谴责中国的行动是“违反国际法和1992年马尼拉东盟会议有关南中国海宣言的精神与要旨”。
菲国防部出示一些中国军舰在美济礁附近的照片，其中包括一艘玉勘级两栖登陆舰和一艘大志级潜艇支援船。
另外，菲还出示一些照片显示，中国在美济礁上建造了4个建筑*，每个建筑*都有钢*支撑(按我们现在的叫法就是第二代高脚屋)，因为美济礁会在长潮时被海水淹没。当时，我国先后在美济礁4个方向共修建了13座2代高脚屋，这种高脚屋已经具备基本防守能力。
对于菲律宾政府的这些指控，中国外交部发言人陈健解释说，中国在美济礁上的建筑，是“为了保护在南沙海域作业的渔民的生命安全，是一种生产设施”，“中国方面从无拘留，也无逮捕任何菲律宾船只，也没有在美济礁上建立任何军事基地”。
然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙*岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁，仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。
甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62 名渔民，指挥他们“非法进入菲律宾专属经济区捕鱼”，“非法破坏海洋自然环境”(注：盛力军：《中菲南沙之争的危险发展》，载《明报》月刊，1995年5 月号。)。5月13日，菲律宾军方蓄意将争议升级，组织了38名本国与外国记者，分别用船只和直升飞机载运到美济礁进行所谓的“采访”，企图使美济礁事件引起国际上的关注。
然而，当载有这些记者的船只驶近兰媒?企图强行进入美济礁时，正在这里执法的中国南海区渔政渔港监督**局“中国渔政34号”船接到上级命令，要将对方拦截在美济礁8海里之外，万一不行，将不惜一切代价将34号船打横、沉没于美济礁主航道中，誓死不让敌舰进入美济礁。
此时，34号船全体船*只有一个念头：“人在、船在、礁在、国旗在”。他们与对方配有两架武装直升机的登陆舰和配有7门大炮的护卫舰周旋了8个多小时，近距离对峙70分钟，终将外国舰艇拦截在8海里之外。面对无畏的中国渔政船，外国舰队只能灰溜溜地开走了，“采访”也不了了之了。
风波随着时间的推移逐渐平息，但是中菲双方的角力并没有停止，一些外国研究机构也加强了对南海信息的收集和分析。
1998年10月，菲律宾重新把美济礁事件挑起。他们拍了一组中国船在原建筑旁卸货的空中侦察照片，指责中国在美济礁扩大“军事建筑”。菲律宾国家安全顾问亚历山大?埃格里将军说，这些建筑“可以被用作渔民避难所之外的目的”。
菲律宾国防部长奥兰多?默卡多亦说：“我对他们在美济礁建造的东西感到怀疑”。为了扩大事态，他们不惜故伎重演，于11月29日派出海军把在仙娥礁附近捕鱼的20名中国渔民拘捕，投入巴拉望岛普林塞萨港的一个牢狱里。
他们原以为藉此可挑起东盟其他国家对中国的不满，但这些国家当时正处于经济危机，无暇顾及此事，东盟秘书长罗多尔福?塞弗里诺说：“我们有更大的问题需要解决，特别是经济问题”。于是，菲律宾只好求救于一位影响较小的美国低级官*——共和党国会议*达纳?罗拉巴彻。
这位众议院国际关系委*会的资深会*于 12月10 日乘菲律宾空军C—130运输机飞过美济礁上空。他煽动说：“当我们飞过上空时，看到中国人正在拼命地建筑这些防御工事。我们看到焊光闪烁，看到恐惧与不祥之兆。中国人把战舰派到离其海域数百海里，为的是夺取一个邻国的领土。”
他指责克林顿政府企图*化美济礁事件，以阻止国会对其中国政策的批评。他发誓支持菲律宾总统埃斯特拉达要求美国在装备上支援菲律宾海军。在这位美国议*的鼓气下，菲律宾政府似乎更忘乎所以，扬言要把美济礁问题提交国际仲裁。但是，中国方面坚持说，在美济礁建造的是渔民避风场所，在工作开始之前就已事先通知过菲律宾驻北京大使，菲律宾所提供的空中照片与事实不符。双方举行了多轮谈判，中方代表坚决表示，争议只能通过双边谈判，反对多边谈判与国际化，也不同意菲律宾提出在4年内拆除美济礁上所有建筑的要求。
1998年11月10日，菲律宾国防部公布了另一张航空照片，即美济礁4号建筑。
从1998年下半年到1999年出的几个月里我国工人在海军护卫舰的保护下，在美济礁修建了4座钢筋混凝土结构的3层建筑，使该岛礁成为中华人民共和国的一个永久前哨。菲总统埃斯特拉达曾命令菲海军前往*锁们美济礁的进出口。
但菲外长很快为埃斯特拉达改口，对外“阐明”了总统的“意图”，他告知媒体说，总统埃斯特拉达的原意时让菲海军加强对美济礁的监视。事实上，埃斯特拉达是想用武力*锁美济礁的，但遭到菲海军方面的劝阻，因为他们很清楚自己的力量是敌不过2艘在附近游弋的中国海军“江湖”级护卫舰。
美济礁终于回到祖国的怀抱！
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